Der Keuchhusten wird bei Kindern durch das Bakterium Bordetella pertussis verursacht, allerdings kann auch Bordetella parapertussis für eine leichtere Variante des Keuchhustens verantwortlich sein. Als Mitglieder des Stamms Bordetellen sind die beiden Bakterien sehr schwer von einander zu unterscheiden. Der Keuchhustenerreger B. pertussis befällt ausschließlich den Menschen, B. parapertussis wird auch bei Schafen festgestellt. Er wird durch eine Tröpfcheninfektion übertragen und besiedelt die Schleimhäute der oberen Atemwege. Zwar bleibt der Keim dort und dringt nicht in tiefere Gewebe oder die Blutbahn ein; trotzdem können Komplikationen auftreten, die nicht die unmittelbar benachbarten Organe betreffen wie beispielsweise den Darm. Der Grund liegt in den Toxinen, die Reaktionen überall im Organismus auslösen können. Der Keuchhusten ist hoch ansteckend, eine lebenslange Immunität wie bei Windpocken, Mumps oder Masern stellt sich auch nach überstandener Erkrankung nicht ein.

Einer der großen Unterschiede zwischen dem Keuchhusten und anderen Kinderkrankheiten ist die Dauer der einzelnen Krankheitsstadien. Zwischen Ansteckung und kompletter Ausheilung können bis zu zweieinhalb Monate vergehen. Die Erkrankung ist in drei Stadien unterteilt, Stadium catarrhale, Stadium convulsivum sowie das Stadium decrementi. Im ersten Stadium, nach der Inkubationszeit von circa zehn Tagen, zeigt sich der Keuchhusten mit unspezifischen Symptomen wie Husten, Schnupfen und leichtem Fieber. Diese Phase dauert bis zu vierzehn Tage. Das nächste Stadium gab dem Keuchhusten seinen Namen, hier treten schwere, von Keuchen begleitete Hustenanfälle auf, bei denen das Kind Schleim hochwürgt und sich auch erbrechen kann. Die Keuchlaute rühren daher, dass sich die Stimmritze schließt und der Patient dagegen „anatmen“ muss. Bei Kindern sind die Keuchhusten-Anfälle stärker ausgeprägt als bei Erwachsenen und kommen häufiger vor. Bis zu 50mal tritt dieser „Stakkato-Husten“ mit einer nächtlichen Häufung auf. Diese Krankheitsphase kann bis zu eineinhalb Monate dauern. Im letzten, dem Stadium decrementi, klingen diese Krankheitssymptome ab. Unbehandelt ist der Keuchhusten bei Kindern bis zu fünf Wochen ansteckend. Wird jedoch eine Behandlung mit Antibiotika eingeleitet, reduziert sich die Ansteckungszeit auf fünf Tage nach Beginn der Behandlung.

Bei älteren Kindern und Heranwachsenden zeigt sich oft ein atypischer Verlauf ohne den krampfanfallartigen Husten. Statt dessen zeigt sich ein trockener Husten, bei Säuglingen dazu Atemstillstand (Apnoe). Eine häufige Komplikation bei Kindern mit Keuchhusten sind Lungenentzündungen, die aber nicht vom Keuchhustenerreger, sondern als Sekundärinfektion meist von Pneumokokken ausgelöst werden. Dazu kommen Nabel- und Leistenbrüche sowie Rippenfrakturen, die durch die schiere Gewalt der Hustenattacken ausgelöst werden können.

Gerade die unspezifischen Symptome, die in der ersten Phase der Erkrankung auftreten, erschweren eine exakte Diagnose. Erst im zweiten Stadium des Keuchhustens ist eine Blickdiagnose, also das Erkennen der Infektion anhand der Keuchhusten-Symptome, zweifelsfrei möglich. Hier sind labormedizinische Methoden erfolgreicher: Dazu werden aus der Nase oder aus dem Rachen Abstriche genommen und die enthaltenen Bakterien auf einem Nährboden angezüchtet. Da Bordetella pertussis sich nur vergleichsweise langsam vermehrt, dauert es bis zu einer Woche, bis der Erreger nachweisbar ist. Eine andere Möglichkeit ist der Nachweis im Blut, der allerdings erst beim Übergang zum zweiten Stadium eingesetzt werden kann, da vorher keine Antikörper gegen das Bakterium vorhanden sind.

Da der Keuchhusten bei Kindern häufig nicht frühzeitig entdeckt wird, verkürzt die Therapie mit Antibiotika die Krankheitsdauer nicht wesentlich. Trotzdem ist diese Behandlung die einzig erfolgversprechende Wahl im Kampf gegen die Infektion. Säuglinge sollten unter ständiger Überwachung, am besten in einer Klinik, stehen, da die Atemstillstände potenziell lebensbedrohlich sind.

Kinder sollten gegen Keuchhusten so früh wie möglich geimpft werden. Die Ständige Impfkommission des Bundes empfiehlt die erste Impfung am Ende des zweiten Lebensmonats, Auffrischungen stehen für die Lebensmonate drei, vier, elf und vierzehn an. Auch danach sollten weitere Impfungen folgen, da erstens die Immunisierung schwächer wird und zweitens zunehmend auch ältere Kinder an Keuchhusten erkranken. Ab dem sechsten Lebensjahr wird in der Regel eine Kombinationsimpfung mit Diphtherie und Tetanus gegeben. Zwischen dem neunten und siebzehnten Lebensjahr schließlich sollte wieder geimpft werden.